四川农业大学环境学科历史久远，可追溯到1985年开设的农业环境保护专业，是当时全国四所开设“农业环境保护专业”的农业院校之一。1986年学校招收土壤污染与防治、农业废弃物资源化利用方向硕士研究生；2000年获批增设环境工程专业，并于次年招生，2003年环境工程硕士点获批招生，学科现有农业环境保护二级博士学位授权点，环境科学与工程一级学科硕士点和资源与环境专业学位授权点，形成了较为完整的高级人才学科培养体系。我校环境学科发展迅速，学科稳居ESI全球排名前1%，在国内外影响力稳步上升。
学科师资队伍精良。现有专职教学科研人员66人，其中高级专业技术职务40人，博士和硕士生导师50人。四川省学术技术带头人3人，省突出贡献专家1人，省天府峨眉计划9人，省学术技术带头人后备人选13人，省杰出青年科学培育基金获得者1人。博士学位教师占93%，海外留学人员占49.4%。
近五年，学院已培养博士毕业生60余名，硕士毕业生300余名，留学生10余人。目前在读硕士研究生243名，博士研究生20余名，硕士、博士留学生8名。