环境生态工程系始建于2012年，筹备环境生态工程专业申报与招生。2021年，环境生态工程系和生态学系合并，负责环境生态工程和生态学两个专业建设。
环境生态工程专业（工科）始建于2013年，列为环境科学与工程一级学科下的二级学科，是国家首批批准的本科招生专业，2014-2015年中国大学本科教育分专业排名第四。2015年3月环境学院从资源与环境学院分离独立建院，学院下设的环境生态工程系负责环境生态工程专业建设。2021年，环境生态工程系和生态学系合并，负责环境生态工程和生态学两个专业建设。同年，环境生态工程专业获批四川省一流专业。
负责环境生态工程和生态学2个本科专业的建设、教学运行管理及育人成效评价；负责土壤污染过程与效应；土壤修复功能材料创制；土壤污染控制与修复3个学科方向的建设，负责四川省土壤环境保护重点实验室的管理与建设。
环境生态工程系主要负责人联系方式及职责分工表
全系有专职教师14人，其中：教授5人，副教授8人，讲师1人。四川省学术带头人1人，省突出贡献专家1人，四川省学术带头人后备人选4人，四川省“天府峨眉计划”人才2人。
1.本科教学
环境生态工程系负责《环境工程原理》、《生态与环境规划》、《环境生态工程》、《环境信息系统》、《流域生态工程设计》、《土建工程制图》、《建设工程概预算》、《生态监测与评价》、《生态工程》、《农业气象学》、《气象学与气候学》等20余门课程建设，其中《生态工程学》、《农业气象学》为四川省一流课程；《环境工程原理》为四川省级高阶课程。
2.平台与基地
学院现拥有“四川省土壤环境保护重点实验室”、“四川省农业环境工程重点实验室”和“四川省农村环境保护工程技术中心”三个省级研究平台。其中“四川省土壤环境保护重点实验室”、环境生态工程实验室、环境与生态规划实验室、环境材料研究室、环境生态风险评估研究室、生态学综合实验室、环境法医及损害鉴定评估研究室、以及校级实践教学基地多处服务于本科教学及科技开发。
3.校外实践基地（部分）
4.专业建设与教学成果
5. 本科生第一作者发表论文
6.本科生主持国家及省级项目
7.本科生获省部级以上奖项（近五年）
8. 其他荣誉
9.近年毕业生去向（部分）
1.研究方向
环生系现有农业环境退化与恢复、土壤污染控制与修复、废弃物处理与资源化等三个研究方向：
（1）农业环境退化与恢复：针对农业生产活动中的各类污染物在多生态尺度、多环境介质体系下的转化、归趋、生态效应以及退化诱发机制的研究。
（2）土壤污染控制与修复：针对土壤污染物的化学行为、迁移路径和转化规律等科学问题，在生物性治理资源发掘、友好型修复材料创制、生态型修复技术开发等方面开展研究。
（3）废弃物处理与资源化：从资源利用和污染角度控制，对城乡生产生活产生的水、固废弃物，开展传统处理与资源化技术升级和高新技术开发，以及典型污染物环节管控技术研究。
2.科研团队
农业环境规划与恢复：程章、杨占彪、蔡郡倬、鲜骏仁、何燕
土壤污染控制与修复：徐小逊、张世熔、王莉淋、戚鑫、陈超
废弃物处理与资源化：张延宗、田东、刘燕、黄梅
六、代表性成果（Representative achievements）
1.获奖
2. 教材与专著
3. 论文（部分）
4.发明专利（部分）
5.社会服务
完成第三次全国土壤普查、环境影响评价、生态评估、生态红线、工程监理、环境规划、水土保持等咨询项目100余项，推广应用土壤污染修复技术多种，设计完成土壤污染修复工程项目10余项。
